iPhoneのデフォルトブラウザである「Mobile Safari」の仕様により、Cookieベースのコンバージョン測定の正確性が保証できない模様です。
Yahoo!リスティング広告のコンバージョン測定はCookieを利用していますので、以下の記事にあるように、まさに影響を受けるはずです。
現状、iPhoneに搭載されているブラウザ「Mobile Safari」では、デフォルトでサードパーティCookieがセットされず、Cookieタイプのアフィリエイトやアクセス解析は正確な計測ができないことで知られています。
(中略)
つまり現時点では、iPhoneでリスティング広告を実施したり、純広告などで効果測定を行ったりする場合には、本来カウントされるべきコンバージョンが上がらず、逆に計上されるべきでないコンバージョンが反映されている可能性が十分にありえます。
「計上されるべきでないコンバージョンが反映されている可能性」については「IPアドレス+ユーザーエージェントによる判別」のケースが該当すると考えられますので、対象をYahoo!リスティング広告に限定すれば、「実際には発生したコンバージョンが測定されない場合がある」ということになるはずです。
ちなみに同記事で言及されているのはiPhoneのみですが、Mobile Safariの仕様による影響ということは、iPadも同様ということでしょう。